转录组测序

        不同雅罗鱼种群在自然水域中分布具有多样性,对盐碱水质的耐受性存在较大的差异,在前期的生理实验中我们也得到了相同的结果(见生理生化部分)。这种特性为我们研究鱼类耐盐碱的分子遗传机制提供了非常好的实验材料。目前,课题组正在进行耐盐碱雅罗鱼与非耐盐碱雅罗鱼mRNA水平上差异表达基因的转录组分析,以此期望批量筛选雅罗鱼耐盐碱相关候选基因及鉴定基因的表达情况。

                          

        目前测序工作已经完成,正在进行后续数据整理与分析。

 

                                                                                                                       芯片杂交

        斑马鱼作为一种鱼类研究的模式物种,其芯片已经市场化。基于生物芯片的丰富数据量和较为简易的特点,采用斑马鱼基因芯片分析碱处理前后雅罗鱼多组织基因表达谱的差异。采用的斑马鱼基因芯片涵盖有接近44,000个探针,可以最大程度的代表全基因组的表达谱。雅罗鱼和斑马鱼同属于硬骨鱼纲的鲤形目,具有较近的亲缘关系,更加容易取得结果。

       实验结果显示:

   130天胁迫条件下,3种组织中共有2489个基因转录水平明显上调,其中鳃中1171个,肾中449个,肠中869个。有19个基因在3种组织中转录水平均发生了明显上调,这些基因功能涉及DNA修复、信号转导、基因表达调控、离子转运、能量代谢调控以及细胞周期调控等。

     230天胁迫条件下,3种组织中共有1588个基因转录水平明显下调,其中鳃中479个,肾中338个,肠中771个。有21个基因在3种组织中均发生了明显下调,功能包括免疫应答、信号转导、离子转运、离子结合等。

     372小时应急试验中,鳃中共有524个基因转录水平明显上调,462个基因转录水平明显下调,其中有157个基因在两种条件下均上调,90个基因在两种条件下都明显下调。这些基因设计信号转导,离子转运,能量代谢,免疫应答等多个方面。

 

 
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